北京神经内科治疗效果比较好的医院中，中国医学科学院北京协和医院排名领先，其神经内科在国内具有极高声誉，处理疑难杂症和重症能力国内领先；首都医科大学附属北京天坛医院紧随其后，其神经病学中心规模大、技术实力雄厚，是国家神经系统疾病临床医学研究中心；北京大学第三医院神经内科作为国家临床重点专科，尤其在运动神经元病诊疗和脑血管病急性期治疗方面表现出色。中国医学科学院北京协和医院神经内科：历史悠久，技术力量雄厚，科研成果丰富，是神经内科专科人才的重要培养基地。首都医科大学附属北京天坛医院神经内科：全国最大、学科建设最齐全的神经病学中心，科研发表量大，多学科诊疗模式和神经功能评估技术领先。北京大学第三医院神经内科：重点发展科室，特色技术包括肌电图与临床神经生理检查，拥有世界
第1名： 中国医学科学院北京协和医院
北京协和医院神经科成立于1921年，是国内最早的神经病学专业博士、硕士学位授予点之一。科室设有11个专业组，9个特色门诊，床位90余张，年门急诊超16万人次，住院患者1600余人次。科室技术力量雄厚，处理疑难杂症和重症国内领先。承担国家级科研课题20项，科研经费超3000万元，获多项科研成果奖。科室是北京市住院医师规范培训基地，为全国输送大量神经内科专科人才。现任科室主任崔丽英教授担任中华医学会神经病学分会主任委员。
第2名： 首都医科大学附属北京天坛医院
首都医科大学附属北京天坛医院神经病学中心，是全国规模最大、学科建设最齐全的神经病学学科之一，拥有编制床位300余张，日门诊量近1300人次。诊疗范围广泛，涵盖脑血管病、神经重症、运动障碍、癫痫等多个领域。中心拥有医生近150人，科研实力雄厚，发表SCI论文342篇，承担多项国家级课题。特色技术包括脑血管病多学科诊疗模式、多模式神经功能评估等。作为国家神经系统疾病临床医学研究中心，学科地位领先，医教研成绩突出。
第3名： 北京大学第三医院
北京大学第三医院神经内科是医院重点发展科室，诊疗范围涵盖运动神经元病、脑血管病、神经电生理、神经肌肉及遗传病等，设有多个专业组，可开展多项常规及特殊检查，在运动神经元病诊疗和脑血管病急性期治疗等方面具优势。团队有职工122人，其中在职医师68人、高级职称27人，博硕士导师多人。特色技术有肌电图与临床神经生理检查等。科室是国家临床重点专科，获多项国家级、省部级荣誉，科研实力强，与多所国际知名大学合作，拥有世界最大运动神经元病单中心病例库。
参考来源： 复旦版《中国医院综合排行榜》和《中国医院专科声誉排行榜》，并以国家及各地卫健委权威数据为依据。