普通干扰素的半衰期短，只有4个小时，就是说如果今天注射了干扰素，第二天体内的干扰素就完全清除了。所以，干扰素不得不每隔一天就注射一次，使用很不方便。
另一方面，普通干扰素给药后血药浓度迅速达高峰， 并导致一些不良反应。用药后24 h血药浓度降至很低， 病毒重新开始复制， 这就是普通干扰素的“ 峰一谷” 效应。当体内的干扰素清除后，体内的病毒又重新复制，所以不能持久地抑制病毒。
普通干扰素半衰期短的原因是由于分子太小，大量干扰素很快就通过肾脏“漏”了出去，通过尿液排出体外。长效干扰素又叫聚乙二醇干扰素，是将普通干扰素和聚乙二醇结合在一起，形成的大分子物质。聚乙二醇是一种惰性、易溶于水、可以做成任意大小的分子，普通干扰素同聚乙二醇结合后分子就会变大，经肾脏“漏”出的速度减慢，达到了延长在体内存在时间的目的。
长效干扰素的半衰期为40个小时，可以在体内持续作用168小时，刚好满足一周一次给药。
长效干扰素每周虽然只给药一次， 但在给药后的1周内， 血中可维持恒定的干扰素浓度。因此对病毒的抑制作用也是持续性的， 而非间歇性的， 不存在普通干扰素的“ 峰一谷” 效应， 这是长效干扰素疗效和安全性均优于普通干扰素的主要原因。
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